یکی از حوادث دوران بعد از استقلال این کشور مسئله جنگ پنج ساله فرانسه با مکزیک میباشد. در سال 1857 خوآرِز به ریاست جمهوری مکزیک رسید و با تصویب قانون اساسی جدید، به یک سری اقدامات اصلاحی در سطح جامعه دست زد. از جمله وی دستور داد که دادگاههای مذهبی که زیر نظر کلیسا اداره میشدند، تعطیل گردند. وی همچنین اموال فراوان کلیسا را محدود نمود و به مقابله با نفوذ کشیشها پرداخت. این امر عکسالعمل صاحبان کلیسا را برانگیخت و موجبات مخالفت کلیسا را فراهم آورد. دول استعماری در این زمان دُوَل مسیحی اروپا از قبیل فرانسه، انگلستان و اسپانیا به ظاهر برای کمک به آزادیخواهان و در اصل برای حاکم شدن بر شؤون مکزیک، در هشتم دسامبر 1861م به این کشور لشکرکشی نموده و خوارِز را به عقب راندند. چندی پس از آغاز جنگ، انگلستان و اسپانیا متوجه شدند که فرانسه قصد تصرف و مالکیت مکزیک را داشته، بنابراین از ادامه همکاری با فرانسه منصرف گردیدند. با این حال نیروهای ناپلئون سوم امپراتور فرانسه موفق به اشغال مکزیکوسیتی پایتخت مکزیک شدند و یک اتریشی را در آن جا به حکومت نشاندند. این وضعیت تا سال 1866م ادامه داشت وسرانجام بر اثر فشار دولتِ امریکا به فرانسه، ناپلئون سوم این کشور را تخلیه و خوارز پس از سازماندهی مجدد به پایتخت حمله برد و بار دیگر به ریاست جمهوری مکزیک رسید.
