یکی از حوادث دوران بعد از استقلال این کشور مسئله جنگ پنج ساله فرانسه با مکزیک می‏باشد. در سال 1857 خوآرِز به ریاست جمهوری مکزیک رسید و با تصویب قانون اساسی جدید، به یک سری اقدامات اصلاحی در سطح جامعه دست زد. از جمله وی دستور داد که دادگاه‏های مذهبی که زیر نظر کلیسا اداره می‏شدند، تعطیل گردند. وی هم‏چنین اموال فراوان کلیسا را محدود نمود و به مقابله با نفوذ کشیش‏ها پرداخت. این امر عکس‏العمل صاحبان کلیسا را برانگیخت و موجبات مخالفت کلیسا را فراهم آورد. دول استعماری در این زمان دُوَل مسیحی اروپا از قبیل فرانسه، انگلستان و اسپانیا به ظاهر برای کمک به آزادی‏خواهان و در اصل برای حاکم شدن بر شؤون مکزیک، در هشتم دسامبر 1861م به این کشور لشکرکشی نموده و خوارِز را به عقب راندند. چندی پس از آغاز جنگ، انگلستان و اسپانیا متوجه شدند که فرانسه قصد تصرف و مالکیت مکزیک را داشته، بنابراین از ادامه همکاری با فرانسه منصرف گردیدند. با این حال نیروهای ناپلئون سوم امپراتور فرانسه موفق به اشغال مکزیکوسیتی پایتخت مکزیک شدند و یک اتریشی را در آن جا به حکومت نشاندند. این وضعیت تا سال 1866م ادامه داشت وسرانجام بر اثر فشار دولتِ امریکا به فرانسه، ناپلئون سوم این کشور را تخلیه و خوارز پس از سازمان‏دهی مجدد به پایتخت حمله برد و بار دیگر به ریاست جمهوری مکزیک رسید.