اداره سلامت کودکان وزارت بهداشت شش برنامه اصلی دارد که از آن جمله می‌توان به مراقبت ادغام یافته کودک سالم، مراقبت ادغام یافته ناخوشی‌های اطفال، ترویج تغذیه با شیر مادر، نظام مراقبت مرگ کودکان و احیای کودکان اشاره کرد.