به گفته سخنگوی وزارت بهداشت ؛ درباره بودجه سازمان بیمه سلامت نگرانی‌هایی وجود دارد.بر اساس قانون برنامه ششم توسعه، بودجه این سازمان باید بر اساس سرانه حق بیمه محاسبه شود ولی از گذشته تا حال به صورت صورت خطی بسته شده و هر سال بودجه نسبت به سال قبل مثل سایر دستگاه‌ها رشد داشته است.