فضائل
پیشوایی امام باقر علیه السلام از صدر اسلام روشن و مسلم بود و نص بر امامت آن امام همراه با تعاریف رسول خدا، فراوان به ما رسیده است.
از آن امام معجزات و کرامات بسیار و نیز امور غریبه فراوانی در کتب معتبر ثبت شده و جنّ و ملائکه و حتّی جبرئیل خدمت او می‌رسیده‌اند.
مکارم اخلاق امام، زبانزد خاص و عام است و علوم و معارف فراوانی از وجود او سرچشمه گرفته . وی همچنین توجه خاصّی به عبادت و ذکر و مناجات داشته است.
در زمان این امام، عده‌ای متمایل به رهبانیّت و ترک دنیا بودند که با مخالفت امام مواجه می‌شدند.
علم
امام باقرعلیه السلام چون در اواخر دوران حکومت بنی‌ امیه به‌سر می‌برد، از ضعف قدرت حاکمه استفاده نمود و در نشر معارف اسلامی، تلاش گسترده‌ای کرد و با مخالفین و صاحبان عقاید مختلف، مناظرات مفصّلی داشت و به سؤالات شیعیان و مخالفین پاسخ داد. لذا از آن امام در تمام مسائل فقهی و اجتماعی و حکومتی روایات فراوانی نقل شده است، به‌طوری‌که تقریباً هیچ کتاب روایی نیست مگر این که از امام باقر علیه السلام در موارد مختلف روایتی ذکر شده است.
امام باقر علیه السلام با صحابی بزرگ رسول خدا، جابر بن عبدالله انصاری روابط صمیمانه‌ای داشت و برای او احترام خاصی قائل بود.
برای آن امام، غیر از جابر، اصحاب و راویان زیادی نام می‌برند که در بین آنها جابر بن یزید جعفی و محمّد بن مسلم و زراره و حمران، بسیار معروفند. شاعر معروف امام نیز کمیت نام دارد.
حوادث دوران امامت
برادر امام باقر علیه السلام زید بن علی بن الحسین پس از شهادت امام سجاد علیه السلام پرچم مخالفت با بنی‌امیه را برافراشت و افراد زیادی را به دور خود جمع کرد. ولی امام باقر او را از قیام مسلّحانه منع کرد و فرمود: « هنوز وقتش نرسیده است، و قیام تو در انتها به ضرر مسلمین می انجامد.» اما زید که خون حسینی در رگ‌های او می‌جوشید، زیر بار نرفت و قیام کرد و عاقبت در اثر اعلان مخالفت با بنی‌امیه به شهادت رسید.
حاکمان دوران امامت
امام باقر علیه السلام در زمان حکومت ولید بن عبدالملک به امامت رسیدند که پس از او سلیمان بن عبدالملک و سپس عمربن عبدالعزیز و سپس یزید بن عبدالملک و پس از او هشام بن عبدالملک، یکی پس از دیگری حاکم مَمالک اسلامی شدند.
امام با هر یک از آنها به نحو خاصّی برخورد می‌کرد، ولی متأسّفانه بعضی از بستگان وی، از جمله زید بن حسن بن علی به بدگویی او دست زدند تا سرانجام هشام ، امام را مسموم کرد و به شهادت رساند.
امام باقر علیه السلام به فرزند ارجمندش امام صادق علیه السلام وصیت فرمود و به لقاء پرورگار شتافت.
آن حضرت دارای سه همسر و هفت فرزند بود.
از امام باقر علیه السلام مواعظ بسیار ارزشمندی به یادگار مانده است که تمام نسل‌ها تا قیامت از آن بهره‌مند خواهند بود.